Η εκκλησία του Αγ. Νικολάου του Μώλου είναι το μοναδικό βενετσιάνικο κτίσμα που διασώθηκε από τον καταστρεπτικό σεισμό και την πυρκαγιά του 1953.
Χτίστηκε το 1561 από την συντεχνία των Ναυτικών, η οποία για να τιμήσει τον Άγιο Διονύσιο τον εξέλεξε εφημέριο της.

Αρχικά ήταν χτισμένη πάνω σε ένα μικρό νησάκι το οποίο ενωνόταν με την στεριά με μία γέφυρα. Μετά τις διάφορες επιχωματώσεις που έγιναν για την επέκταση της πόλεως, ενώθηκε με το υπόλοιπο νησί.

Εξωτερικά έχει επενδυθεί με πέτρα και το καμπαναριό της το οποίο παλαιότερα φιλοξενούσε φανό του Λιμανιού έχει αναστηλωθεί. Ο ρυθμός που ακολουθεί είναι αυτός της Μονοκλιτης Βασιλικής.

Στο εσωτερικό της φυλάσσονται τα αρχιερατικά άμφια του Αγίου Διονυσίου, ως φόρος τιμής της σχέσης του Αγίου με την εκκλησία αυτή.

Από εδώ ξεκινά η λιτανεία της Μεγάλης Παρασκευής.