Η περίοδος μεταξύ 1807- 1809 χαρακτηρίζεται από την δεύτερη γαλλική κυριαρχία. Με την συνθήκη του Τίλσιτ τον Ιούλιο του 1807 η Ρωσία παραχώρησε την προστασία της Επτανήσου Πολιτείας στον αυτοκράτορα της Γαλλίας Ναπολέοντα. Το ηπειρωτικό σύστημα αποκλεισμού από την Αγγλία οδήγησε στην διακοπή των εξαγωγών, ενώ η εισαγωγή σιταριού έγινε προβληματική. Το επισιτιστικό πρόβλημα του πληθυσμού, η γενική οικονομική δυσπραγία που προκαλούσε η φορολογία καθώς και οι βλέψεις των Βρετανών στο Ιόνιο, τερμάτισαν σύντομα την δεύτερη γαλλική κυριαρχία.
Την περίοδο μεταξύ 1809- 1864 η Ζάκυνθος βρίσκεται υπό αγγλική προστασία. Τον Οκτώβρη του 1809 ο Βρετανός στρατηγός Όσβελντ καταλαμβάνει την Ζάκυνθο. Οι Άγγλοι διακηρύττουν ότι ο επιδιωκόμενος σκοπός δεν είναι η κατάκτηση των Ιονίων αλλά η προστασία αυτών για την προαγωγή του εμπορίου και της γενικής ευημερίας. Όρισαν την Ζάκυνθο πρωτεύουσα των απελευθερωμένων νήσων ενώ σε κάθε νησί υπήρχε ένα είδος τοπικής βουλής. Το Νοέμβριο του 1815 η συνθήκη των Παρισίων αναγνώρισε το αυτόνομο Ιονικό κράτος με το όνομα «Ενωμένα κράτη των Ιονίων Νήσων» υπό την αποκλειστική προστασία της Βρετανίας. Το σύνταγμα του 1817 προέβλεπε Βουλή και Γερουσία αλλά ουσιαστικά όλες οι εξουσίες συγκεντρώνονταν στο πρόσωπο του αρμοστή που διέθετε και το δικαίωμα της αρνησικυρίας.
Η Ζάκυνθος στις αρχές του 19ου αιώνα έγινε έδρα μύησης μελών της Φιλικής Εταιρίας και αργότερα καταφύγιο προσφύγων από την Πελοπόννησο και την Ρούμελη. Εξελίχθηκε σε κέντρο επαναστατών που επιδιώκουν την αγγλική προστασία για τον Αγώνα. Το 1821, με το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης οι Ζακυνθινοί στάθηκαν στο πλευρό των εξεγερμένων Ελλήνων, παρά τις αντιδράσεις των Άγγλων, ενώ ήδη από το 1818, μυήθηκε στην εθνική υπόθεση και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης. Στην διάρκεια της Αγγλοκρατίας, το νησί γνώρισε μια ιδιαίτερη άνθηση στην παιδεία και τα γράμματα.
Εκτελούνται σημαντικά δημόσια έργα όπως δρόμοι και ένα μεγάλο μέρος του σημερινού λιμανιού. Παρόλα αυτά είχαν αρχίσει και στην υπόλοιπη Ελλάδα οι προετοιμασίες για την αποτίναξη του τούρκικου ζυγού, γεγονός που έφερε πολλές φορές σε σύγκρουση τους Ζακυνθινούς με τους Άγγλους. Η «Επιτροπή της Ζακύνθου» με τους Στεφάνου, Ρώμα, Δραγώνα επεδίωξε τον εφοδιασμό των αγωνιστών και επηρέασε τους διπλωματικούς χειρισμούς των επαναστατικών κυβερνήσεων.