Το 1797 ο Ναπολέων κατέλυσε το ενετικό κράτος και κατέλαβε διαδοχικά τα νησιά του Ιονίου, αντικαθιστώντας τη βενετική αριστοκρατία με τα δημοκρατικότερα πολιτικά σχήματα. Στις 4 Ιουλίου του ιδίου έτους οι Γάλλοι δημοκρατικοί αποβιβάστηκαν στη Ζάκυνθο και το γεγονός αυτό έγινε δεκτό με πανηγυρισμούς στο νησί αφού στα μυαλά των ζακυνθινών άρχισαν να υπάρχουν οι ιδέες της ισότητας, ισονομίας και αδελφοσύνης. Ένας φανατικός δημοκράτης, ο Ψημάρης, ανέβηκε στο Κάστρο, κατέβασε την βενετσιάνικη παντιέρα που συμβόλιζε την καταπίεση και τον σκοταδισμό.
Στην κεντρική πλατεία μαζεύτηκαν οι ποπολάροι, έκαψαν το βιβλίο των ευγενών (Libro d\\\'oro) και φύτεψαν το δέντρο της ελευθερίας. Ο αρχικός ενθουσιασμός των κατοίκων, ωστόσο, υποχώρησε εξαιτίας των αυστηρών δημοσιονομικών μέτρων και της βαριάς φορολογίας που επιβλήθηκε, προκειμένου να συντηρηθούν τα γαλλικά στρατεύματα. Η γαλλική κατοχή κράτησε μόνο 15 μήνες.

Ρωσία και Οθωμανική αυτοκρατορία ένωσαν τις δυνάμεις τους εναντίον των γαλλικών δυνάμεων που έπλητταν τα συμφέροντά τους. Ο ρωσοτουρκικός στόλος το 1798 κατέλαβε την Ζάκυνθο και σχημάτισαν ένα ενιαίο Ιόνιο κράτος με κεντρική κυβέρνηση τη γερουσία αποτελούμενη από 14 αιρετούς αντιπροσώπους από τα νησιά. Στις 21 Μαρτίου 1800 υπογράφτηκε από την Ρωσία και την Τουρκία η συνθήκη της Κων/πόλης η οποία τερμάτισε το προσωρινό πολίτευμα των Επτανήσων και ίδρυσε την «Πολιτεία των Επτά Ηνωμένων Νήσων» ή «Επτάνησος Πολιτεία».
Ήταν το πρώτο ελληνικό κρατίδιο που δημιουργήθηκε 3,5 αιώνες μετά την κατάλυση της βυζαντινής αυτοκρατορίας από τους Οθωμανούς, το 1453. Την Επτάνησο Πολιτεία την αποτελούσαν τα νησιά του Ιονίου Πελάγους (Κέρκυρα, Παξοί, Λευκάδα, Ιθάκη, Κεφαλονιά, Ζάκυνθος, Κύθηρα) και τα μικρότερα νησιά γύρω τους. Το βυζαντινό σύνταγμα επαναφέρει το αριστοκρατικό πολίτευμα και οι εκλέκτορες της Ζακύνθου συγκροτούν το γενικό συμβούλιο του νησιού. Ωστόσο, η εφαρμογή του βυζαντινού συντάγματος που στερούσε τα πολιτικά δικαιώματα του λαού συνάντησε την αντίδραση του λαού.
Ο Μαρτινέγκος αφαίρεσε την εξουσία από τους ευγενείς και διοικούσε το νησί κατά βούληση κηρύσσοντας το ανεξάρτητο. Στις 10 Οκτωβρίου 1801 με μυστική συμφωνία μεταξύ Γαλλίας και Ρωσίας στο Παρίσι αποφασίστηκε η αποστρατιωτικοποίηση της Επτανήσου. Αυτό χειροτέρεψε την εσωτερική κατάσταση. Το νέο σύνταγμα του 1803 κατάργησε το διαδοχικό δικαίωμα ευγένειας και έδινε το δικαίωμα σε κάθε άτομο που διακρινόταν για την αρετή και την μόρφωσή του να μπορεί να εκλέγεται σε ηγετικές θέσεις και να μετέχει στην Γερουσία.
Μετά την νίκη του Ναπολέοντα στο Αούστερλιτς και την σύναψη της συνθήκης του Τιλσίτ στις 8 Ιουλίου 1807, τα Επτάνησα παραχωρήθηκαν και πάλι στην Γαλλία και η Επτάνησος Πολιτεία έπαψε να υφίσταται.