Στο κτίριο της Μονής Στροφάδων και στην εκκλησία του Αγίου Διονυσίου στην πόλη της Ζακύνθου έχει ιδρυθεί από το 1979 το εκκλησιαστικό μουσείο που περιέχει κειμήλια αυτής της Μονής. Το μουσείο ιδρύθηκε μετά από επιθυμία του τότε Καθοδηγούμενου Δανιήλ Γιγάντε και με πρωτοβουλία του  Μητροπολίτη Ζακύνθου Παντελεήμονος. Το μουσείο στεγάζεται στην αίθουσα του ισογείου του κεντρικού κτιρίου της Μονής. Υπάρχουν διάφορα αντικείμενα ζωγραφικής, αργυρογλυπτικής και υφαντικής.
Ανάμεσά τους βρίσκονται τέσσερις εικόνες του Κουτούζη που απεικονίζουν την ζωή του Αγίου Διονυσίου και μια κρητικής τεχνοτροπίας που εικονίζει το Χριστό ανάμεσα στους Ιεράρχες. Όσον αφορά τον τομέα της αργυρογλυπτικής υπάρχει μια σειρά από επίχρυσα ιερά σκεύη επτανησιακής και ρωσικής τέχνης( όπως δίσκοι, καντήλια, σταυροί κτλ) καθώς και Ευαγγέλια και Απόστολοι.  Στον τομέα της υφαντικής υπάρχουν ωραιότατες ιερατικές στολές του περασμένου αιώνα καθώς και κεντητά καλύμματα για δισκοπότηρα.

Μετά τον καταστρεπτικό σεισμό του 1997 που προκάλεσαν σοβαρές ζημιές στην Μονή Στροφάδων, όλα τα κειμήλια και οι εικόνες μεταφέρθηκαν στο Μοναστήρι του Αγίου Διονυσίου στην Ζάκυνθο. Το νέο εκκλησιαστικό μουσείο εγκαινιάστηκε το 2000 και βρίσκεται ακριβώς δίπλα από την εκκλησία του Αγίου Διονυσίου στην πόλη της Ζακύνθου. Οι περισσότερες εικόνες που κοσμούν το μουσείο είναι από κρητικούς ζωγράφους που τις κατασκεύασαν στην Κρήτη ή στην Ζάκυνθο μετά την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους το 1669. Πολλές επίσης ανήκουν σε ζακυνθινούς καλλιτέχνες σημαντικότεροι των οποίων είναι ο Κουτούζης και ο Καντούνης.
Η παλαιότερη εικόνα είναι της Παναγίας της Θαλασσομαχούσας από τον 13ο αιώνα, η οποία σύμφωνα με την παράδοση είχε πεταχτεί στη θάλασσα την περίοδο της εικονομαχίας και έφτασε πάνω στα κύματα στη Μονή των Στροφάδων. Αξιοθαύμαστες εικόνες είναι αυτές της Παναγίας την «Πάντων Χαρά», του Αγίου Θεόδωρου του Στρατηλάτη, του Αγίου Γεώργιου, του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου και πολλές άλλες. Όσον αφορά τα εκκλησιαστικά αργυρά μπορείτε να θαυμάσετε ιερά σκεύη της Θείας Ευχαριστίας όπως αρτοφόριο, Ευαγγέλιο, σταυρός, άγιο ποτήριο, θυμιατήρια, λάρνακες, καντήλια κτλ. Στο νέο μουσείο εκτίθενται ακόμα παλιές και σπάνιες εκδόσεις λειτουργικών βιβλίων του 16ου - 18ου αιώνα. Τέλος μπορείς να συναντήσεις μια πλούσια συλλογή από ιερατικά άμφια, που φορούσαν οι κληρικοί κατά την διάρκεια της Θείας Λειτουργίας και τις άλλες γιορτές της Ορθοδοξίας.

Ξεχωριστή θέση κατέχει η αρχιερατική στολή του λειψάνου του Αγίου Διονυσίου και οι μήτρες των Μητροπολιτών Πλέσσα και Παράσχη.  Όλα αυτά τα εκθέματα μας δείχνουν την γνήσια ορθόδοξη εκκλησιαστική παράδοση της Ζακύνθου.