Το Μαραθωνήσι είναι ένα ακατοίκητο νησάκι και λοφώδες νησάκι στο δυτικό άκρο του κόλπου του Λαγανά, απέναντι από την λίμνη του Κεριού. Έχει έκταση περίπου 280 στρέμματα και καλύπτεται από πυκνή θαμνώδη βλάστηση που σε ορισμένα σημεία φτάνει σε ύψος τα 3 μέτρα και συχνά είναι αδιαπέραστη.

Τα χαρακτηριστικά είδη της θαμνώδους βλάστησης είναι ο σχίνος, το πουρνάρι και ο ράμνος. Στο βόρειο άκρο της νησίδας βρίσκεται και η μοναδική αμμώδης παραλία μήκους 150 μέτρων η οποία αποτελεί περιοχή ωοτοκίας της θαλάσσιας χελώνας. Φύλακες του εθνικού θαλάσσιου πάρκου, μένουν μονίμως εκεί και προστατεύουν το νησί, την χελώνα και τα αυγά της. Η φύση εκεί είναι εξωτική, η αμμουδιά πεντακάθαρη και τα νερά διάφανα. Εδώ υπάρχει μια παραλιακή ζώνη μήκους 20-30 μέτρων χωρίς κανένα φυτικό είδος. Επίσης υπάρχει μια μικρότερη παραλία με βότσαλα που καταλήγει σε μια μαγευτική και γεμάτη μυστήριο σπηλιά.


Στα βορειοδυτικά του νησιού υψώνονται ψηλοί γκρεμνοί. Στη συνέχεια , προς το εσωτερικό του νησιού βρίσκεται μια περιοχή με αμμοθίνες που φτάνει σε βάθος τα 50 μέτρα. Το νησί αποτελείται από δύο σκοπέλους τα Ποντικονήσια, ενώ κάποτε ήταν ενωμένο με το ακρωτήριο του Μαραθία. Έχει περίπου ένα μίλι περίμετρο. Στη παραλία της χελώνας βρίσκεται το εκκλησάκι της Θεοτόκου Οδηγήτριας, της Μαραθονησιώτισσας.

Στα χρόνια των πειρατικών επιδρομών, στην ίδια θέση βρισκόταν ανδρικό μοναστήρι που ήταν ονομαστό για την παλιά εικόνα της Θεοτόκου. Η πρόσβαση προς αυτό το νησάκι γίνεται με βάρκες και ειδικά πλεούμενα (διαθέτουν γυάλινο πάτο για να θαυμάζει κανείς τις χελώνες) που ξεκινούν από την λίμνη του Κεριού και τον Λαγανά. Μετά το Ναυάγιο αποτελεί το σήμα κατατεθέν του νησιού που ανεπιφύλακτα προτείνεται να το επισκεφτεί κανείς.